Ebla là một vương quốc đa thần.[182] Thời vương quốc đệ nhất, người Ebla thờ cúng các vị vua đã qua đời.[183] Thần điện đầu tiên dựng các vị thần theo cặp. Các cặp thần Ebla có thể xếp vào ba loại. Loại phổ biến nhất là cặp thần vợ chồng.[183] Loại thứ nhì là các cặp cùng chung một kỳ tích, như cùng với nhau tạo ra vũ trụ giống như thần thoại Ai Cập và Lưỡng Hà.[183] Loại thứ ba là một thần duy nhất nhưng có hai tên gọi.[183] Người Ebla thờ một số thần Lưỡng Hà, một số thần Semit Tây Bắc là đặc trưng duy nhất ở Ebla.[152] Loại cặp thần thứ nhất tiêu biểu có Nidakul (thần riêng chỉ có ở Ebla) và vợ là Belatu ("vợ người");[184] Rasap và Adamma;[184] thần bảo hộ thành Kura (cũng là đặc trưng của Ebla) và vợ là Barama.[185][186] Loại thứ ba có thần nghệ nhân Kamish/Tit, Kothar-wa-Khasis và sao Kim đại diện bởi thần núi đôi: Shahar là sao Hôm và Shalim là sao Mai.[183]

Vương quốc đệ nhất thờ nhiều thần khác như nữ thần Syria Ishara[note 20] được cả hoàng gia thờ phụng.[190] Ishtar cũng được thờ nhưng chỉ được nhắc đến có 5 lần trong danh sách tế lễ hàng tháng, trong khi Ishara quan trọng hơn nhiều, tên thần xuất hiện đến 40 lần.[191] Các thần khác như Damu;[note 21][192] thần Lưỡng Hà Utu;[9] Ashtapi;[193] Dagan;[194] Hadad (Hadda) và vợ là Halabatu ("nữ Halab");[195][196] và Shipish, nữ thần mặt trời có đền thờ riêng để cúng bái.[197] Bốn cổng thành được đặt theo tên các thần Dagan, Hadda, Rasap và Utu, chi không rõ mỗi cổng ứng với tên nào.[198] Nhìn chung, danh sách tế lễ đề cập đến khoảng 40 thần được dâng tế.[9]

Thời vương quốc đệ tam, người Amorite thờ các thần Semit phương bắc thường thấy; các thần Ebla đặc trưng đã biến mất.[199] Hadad là vị thần quan trọng nhất, còn Ishtar thay thế Ishara giữ vai trò trọng yếu trong thành bên cạnh Hadad.[171]

Giả thuyết liên hệ với Kinh Thánh

Khi bắt đầu quá trình giải mã văn tự, Pettinato tuyên bố về mối liên hệ khả dĩ giữa Ebla và nội dung trong Kinh Thánh, [200] trích dẫn thông tin từ các bảng về sự tồn tại của Yahweh, các Tổ phụ, Sodom và Gomorrah và các chuyện khác trong Kinh Thánh.[200] Ban đầu, giới truyền thông khá hào hứng về mối liên hệ này dựa trên phỏng đoán và suy đoán sơ bộ của Pettinato và những người khác. Nhưng giờ đây, các ý kiến này không được nhìn nhận nữa và đồng thuận về mặt học thuật cho là Ebla "không liên quan đến các tiểu tiên tri, tính chính xác lịch sử của các Tổ phụ trong Kinh Thánh, sự thờ phượng Yahweh, hoặc Sodom và Gomorrah".[200] Trong các nghiên cứu về Ebla, trọng tâm không còn đối chiếu với Kinh Thánh và Ebla hiện được coi là một nền văn minh đúng nghĩa.[200] Các tuyên bố đã dẫn đến tranh luận cá nhân và học thuật gay gắt giữa các học giả tham gia, cũng như tồn tại ý kiến cho là có sự can thiệp chính trị của chính quyền Syria.[201]